序号 模型名称 物种 基因 反应 代谢物 分类 发表时间
1 AbyMBEL891 Acinetobacter baumannii 650 891 778 Bacteria 2010年
2 iAbaylyiV4 Acinetobacter baylyi 774 875 701 Bacteria 2008年
3 iYLW1028 Actinoplanes sp. 1028 1219 1128 Bacteria 2015年
4 GMD-FH1894 Amycolatopsis balhimycina 583 1363 647 Bacteria 2012年
5 iRL766 Ashbya gossypii 766 1595 799 Eukaryota 2013年
6 iHD666 Aspergillus nidulans 666 794 732 Eukaryota 2008年
7 iMA871 Aspergillus niger 871 1190 1045 Eukaryota 2008年
8 GMD-RIB40 Aspergillus oryzae 1314 1053 1073 Eukaryota 2008年
9 iJL1454 Aspergillus terreus 1454 1451 1155 Eukaryota 2013年
10 iMZ1055 Bacillus megaterium 1055 1112 993 Bacteria 2013年
11 model_v3 Bacillus subtilis 844 1020 988 Bacteria 2007年
12 iBsu1103 Bacillus subtilis 1103 1437 1138 Bacteria 2009年
13 iBif452 Bifidobacterium adolescentis 452 699 611 Bacteria 2014年
14 iCG230 Blattabacterium cuenoti 358 289 230 Bacteria 2012年
15 iCG238 Blattabacterium cuenoti 364 296 238 Bacteria 2012年
16 iMP240 Blattabacterium cuenoti 240 412 317 Bacteria 2013年
17 GMD-B. pertussi Bordetella pertussis Bacteria 2012年
18 iGT196 Buchnera aphidicola 196 263 240 Bacteria 2009年
19 iKF1028 Burkholderia cenocepacia 1028 859 834 Bacteria 2011年
20 GMD-NCTC11168 Campylobacter jejuni 388 536 467 Bacteria 2011年
21 iNX804 Candida glabrata 804 1287 1025 Eukaryota 2012年
22 iBD1106 Chlamydomonas reinhardtii 1106 2445 1959 Eukaryota 2014年
23 AlgaGEM Chlamydomonas reinhardtii 1371 1725 1862 Eukaryota 2011年
24 iRC1080 Chlamydomonas reinhardtii 1080 2190 1068 Eukaryota 2011年
25 iOA584 Chromohalobacter salexigens 584 1386 1411 Bacteria 2011年
26 GMD-ATCC824a Clostridium acetobutylicum 474 552 422 Bacteria 2008年
27 GMD-ATCC824b Clostridium acetobutylicum 432 502 479 Bacteria 2008年
28 iFs431 Clostridium acetobutylicum 431 603 621 Bacteria 2010年
29 iCac802 Clostridium acetobutylicum 802 1462 1137 Bacteria 2014年
30 iCM925 Clostridium beijerinckii 925 938 881 Bacteria 2011年
31 iHN637 Clostridium ljungdahlii 637 785 698 Bacteria 2013年
32 iSR432 Clostridium thermocellum 432 577 525 Bacteria 2010年
33 iJM658 Corynebacterium glutamicum 658 1065 984 Bacteria 2015年
34 GMD-ATCC13032b Corynebacterium glutamicum 446 411 Bacteria 2008年
35 GMD-ATCC13032a Corynebacterium glutamicum 227 502 423 Bacteria 2009年
36 iNV213 Cryptosporidium hominis 213 540 Eukaryota 2010年
37 iCyt773 Cyanothece sp. 773 946 802 Bacteria 2012年
38 iCce806 Cyanothece sp. 806 667 637 Bacteria 2012年
39 iAI549 Dehalococcoides ethenogenes 549 518 549 Bacteria 2010年
40 iDsh827 Dinoroseobacter shibae 827 1488 1614 Bacteria 2013年
41 EctoGEM-1.0 Ectocarpus siliculosus 1866 2020 Eukaryota 2014年
42 GMD-V583 Enterococcus faecalis 706 642 Bacteria 2014年
43 EcoCyc-18.0-GEM Escherichia coli 1445 2286 1453 Bacteria 2014年
44 iCA1273 Escherichia coli 1273 2477 1111 Bacteria 2011年
45 iJO1366 Escherichia coli 1366 2251 1136 Bacteria 2011年
46 iAF1260 Escherichia coli 1260 2077 1039 Bacteria 2007年
47 iJR904 Escherichia coli 904 931 625 Bacteria 2003年
48 iHJ873 Escherichia coli 773 873 518 Bacteria 2006年
49 iJE660 Escherichia coli 660 627 438 Bacteria 2000年
50 iFap484 Faecalibacterium prausnitzii 484 713 621 Bacteria 2014年
51 GMD-A2-165 Faecalibacterium prausnitzii 602 1030 833 Bacteria 2014年
52 iRS605 Francisella tularensis 683 605 586 Bacteria 2010年
53 iAF987 Geobacter metallireducens 987 1284 1109 Bacteria 2014年
54 GMD-GS-15 Geobacter metallireducens 747 697 769 Bacteria 2009年
55 GMD-ATCC51573 Geobacter sulfurreducens 588 523 541 Bacteria 2006年
56 iXW433 Gluconobacter oxydans 433 859 985 Bacteria 2014年
57 GMD-NBRC16433 Gordonia alkanivorans 568 922 881 Bacteria 2013年
58 iJE296 Haemophilus influenzae 296 488 343 Bacteria 1999年
59 iCS400 Haemophilus influenzae 400 461 451 Bacteria 2003年
60 GMD-R-1 Halobacterium salinarum 490 711 557 Archaea 2008年
61 iCS291 Helicobacter pylori 291 388 340 Bacteria 2002年
62 iIT341 Helicobacter pylori 341 476 485 Bacteria 2005年
63 iWZ663 Ketogulonicigenium vulgare 663 830 649 Bacteria 2012年
64 KoxGSC1457 Klebsiella oxytoca 1074 1457 1099 Bacteria 2013年
65 iYL1228 Klebsiella pneumoniae 1228 1970 1658 Bacteria 2011年
66 iOD907 Kluyveromyces lactis 907 2180 2338 Eukaryota 2014年
67 iLca334_548 Lactobacillus casei 548 1040 959 Bacteria 2014年
68 iJL846 Lactobacillus casei 846 969 785 Bacteria 2014年
69 iLca12A_640 Lactobacillus casei 640 1076 979 Bacteria 2014年
70 GMD-WCFS1 Lactobacillus plantarum 721 643 531 Bacteria 2006年
71 GMD-IL1403 Lactococcus lactis 358 621 422 Bacteria 2005年
72 GMD-MG1363 Lactococcus lactis subsp. cremoris 518 754 650 Bacteria 2013年
73 iAC560 Leishmania major 560 1112 1101 Eukaryota 2008年
74 GMD-MBEL55Ea Mannheimia succiniciproducens 425 686 519 Bacteria 2007年
75 GMD-MBEL55Eb Mannheimia succiniciproducens 355 373 332 Bacteria 2004年
76 iMM518 Methanococcus maripaludis 518 570 556 Archaea 2014年
77 iMB745 Methanosarcina acetivorans 745 756 715 Archaea 2011年
78 iVS941 Methanosarcina acetivorans 941 705 708 Archaea 2011年
79 iAF692 Methanosarcina barkeri 692 619 558 Archaea 2006年
80 iMG746 Methanosarcina barkeri 746 741 719 Archaea 2013年
81 iRP911 Methylobacterium extorquens 911 1139 977 Bacteria 2011年
82 iAI558 Moorella thermoacetica 558 705 697 Bacteria 2015年
83 iCY1106 Mortierella alpina 1106 1856 1733 Eukaryota 2014年
84 iNJ661m Mycobacterium tuberculosis 663 1049 838 Bacteria 2010年
85 GSMN-TB Mycobacterium tuberculosis 726 849 739 Bacteria 2007年
86 iNJ661 Mycobacterium tuberculosis 661 939 828 Bacteria 2007年
87 iPS189 Mycoplasma genitalium 189 262 274 Bacteria 2009年
88 iJW145 Mycoplasma pneumoniae 145 306 266 Bacteria 2013年
89 GMD-DSM2160 Natronomonas pharaonis 654 683 597 Archaea 2010年
90 Nmb_iTM560 Neisseria meningitidis 586 1255 1297 Bacteria 2011年
91 GMD-serogroup B Neisseria meningitidis 555 496 471 Bacteria 2007年
92 iJDZ836 Neurospora crassa 836 1845 1008 Eukaryota 2013年
93 iPC1209 Pectobacterium carotovorum subsp. Carotovorum 1209 2235 1113 Bacteria 2014年
94 iAL1006 Penicillium chrysogenum 1006 1471 1235 Eukaryota 2013年
95 iLC915 Pichia pastoris 915 1423 899 Eukaryota 2012年
96 iPP668 Pichia pastoris 668 1361 1177 Eukaryota 2010年
97 PpaMBEL1254 Pichia pastoris 540 1254 1147 Eukaryota 2010年
98 iSS884 Pichia stipitis 884 1332 992 Eukaryota 2012年
99 GMD-3D7a Plasmodium falciparum 366 1001 616 Eukaryota 2010年
100 GMD-3D7b Plasmodium falciparum 579 1375 1622 Eukaryota 2010年
101 iVM679 Porphyromonas gingivalis 679 564 Bacteria 2009年
102 iMF721 Pseudoalteromonas haloplanktis 721 1322 1133 Bacteria 2014年
103 iMO1056 Pseudomonas aeruginosa 1056 883 760 Bacteria 2008年
104 iSB1139 Pseudomonas fluorescens 1139 1012 1194 Bacteria 2013年
105 PpuMBEL1071 Pseudomonas putida 900 1071 1044 Bacteria 2010年
106 iJP815 Pseudomonas putida 815 877 886 Bacteria 2008年
107 iJN746 Pseudomonas putida 746 950 911 Bacteria 2008年
108 iPB890 Pseudomonas stutzeri 890 1135 813 Bacteria 2015年
109 RehMBEL1391 Ralstonia eutropha 1391 1171 Bacteria 2011年
110 iOR450 Rhizobium etli 450 402 377 Bacteria 2012年
111 iOR363 Rhizobium etli 363 387 371 Bacteria 2007年
112 iRsp1095 Rhodobacter sphaeroides 1095 1158 796 Bacteria 2011年
113 GMD-PR4 Rhodococcus erythropolis 618 823 786 Bacteria 2011年
114 iMT1174 Rhodococcus jostii 1174 1935 1243 Bacteria 2015年
115 GMD-T118 Rhodoferax ferrireducens 744 762 790 Bacteria 2009年
116 iIN800 Saccharomyces cerevisiae 800 1446 1013 Eukaryota 2008年
117 iFF708 Saccharomyces cerevisiae 708 1175 584 Eukaryota 2003年
118 iLL672 Saccharomyces cerevisiae 672 1038 636 Eukaryota 2005年
119 iND750 Saccharomyces cerevisiae 750 1149 646 Eukaryota 2004年
120 iMM904 Saccharomyces cerevisiae 904 1412 713 Eukaryota 2009年
121 iMH805 Saccharomyces cerevisiae 832 1857 1168 Eukaryota 2008年
122 Yeast 1.0 Saccharomyces cerevisiae 1102 924 Eukaryota 2010年
123 iTO977 Saccharomyces cerevisiae 977 1566 1353 Eukaryota 2013年
124 GMD-NRRL2338 Saccharopolyspora erythraea 2075 1482 1646 Bacteria 2012年
125 SPNV1.0 Saccharopolyspora spinosa 733 1577 1726 Bacteria 2014年
126 iCC908 Salinispora tropica 908 1507 1317 Bacteria 2015年
127 STM_v1.0 Salmonella enterica 1270 2201 1119 Bacteria 2011年
128 iMA945 Salmonella enterica 945 1964 1036 Bacteria 2009年
129 iRR1083 Salmonella enterica 1083 1087 774 Bacteria 2009年
130 GMD-LT2 Salmonella Typhimurium 824 1097 1088 Bacteria 2014年
131 iTL885 Scheffersomyces stipitis 885 1240 589 Eukaryota 2012年
132 iCY1170_DHA Schizochytrium limacinum 1170 1769 1659 Eukaryota 2015年
133 SpoMBEL1693 Schizosaccharomyces pombe 605 1744 1693 Eukaryota 2012年
134 iOS217_672 Shewanella denitrificans 672 865 638 Bacteria 2014年
135 iMR1_799 Shewanella oneidensis 799 933 647 Bacteria 2014年
136 iSO783 Shewanella oneidensis 783 774 634 Bacteria 2010年
137 iMR4_812 Shewanella sp. 812 986 665 Bacteria 2014年
138 iW3181_789 Shewanella sp. 789 918 643 Bacteria 2014年
139 iHZ565 Sinorhizobium meliloti 565 503 522 Bacteria 2012年
140 GMD-morsitans Sodalis glossinidius 668 741 690 Bacteria 2012年
141 iAK692 Spirulina platensis 692 875 837 Bacteria 2012年
142 iMH551 Staphylococcus aureus 551 712 604 Bacteria 2005年
143 iSB619 Staphylococcus aureus 619 641 571 Bacteria 2005年
144 Many Staphylococcus aureus 546 1493 1431 Bacteria 2009年
145 GMD-LMG18311 Streptococcus thermophilus 429 522 Bacteria 2009年
146 GMD-A3(2)b Streptomyces coelicolor 700 700 500 Bacteria 2005年
147 GMD-A3(2)a Streptomyces coelicolor 789 1015 759 Bacteria 2010年
148 GMD-TK24 Streptomyces lividans 702 602 Bacteria 2012年
149 GMD-NRRL18488 Streptomyces tsukubaensis 671 865 621 Bacteria 2013年
150 iTU515 Sulfolobus solfataricus 515 718 705 Bacteria 2012年
151 iSyf715 Synechococcus elongatus 715 851 838 Bacteria 2014年
152 GMD-PCC7002 Synechococcus sp Bacteria 2013年
153 iSyn731 Synechocystis sp 731 1156 860 Bacteria 2012年
154 GMD-PCC6803 Synechocystis sp. 633 831 704 Bacteria 2008年
155 iJN678 Synechocystis sp. 678 863 795 Bacteria 2012年
156 iSyn669 Synechocystis sp. 669 882 790 Bacteria 2010年
157 iWT236 Thermoanaerobacter tengcongensis 236 253 227 Bacteria 2013年
158 GMD-JW-YS485 Thermoanaerobacterium saccharolyticum 315 515 503 Bacteria 2015年
159 iTfu296 Thermobifida fusca 296 975 1382 Bacteria 2014年
160 iZY478 Thermotoga maritima 478 562 503 Bacteria 2009年
161 iTT548 Thermus thermophilus 548 796 635 Bacteria 2014年
162 VvuMBEL943 Vibrio vulnificus 673 943 792 Bacteria 2011年
163 GMD-B100 Xanthomonas campestris pv. Campestris 352 437 338 Bacteria 2013年
164 iYL619_PCP Yarrowia lipolytica 619 1142 843 Eukaryota 2012年
165 iNL895 Yarrowia lipolytica 895 2002 1847 Eukaryota 2012年
166 iPC815 Yersinia pestis 815 1678 963 Bacteria 2011年
167 iAN818m Yersinia pestis 818 1020 825 Bacteria 2009年
168 iZM363 Zymomonas mobilis 363 747 704 Bacteria 2010年
169 ZmobMBEL601 Zymomonas mobilis 347 601 579 Bacteria 2010年